エリザベト音楽大学ではセメスター制を導入しており、通常の4年制の大学教育にこだわらず、個人の能力や希望により以下のように柔軟な教育プログラムを制度化しています。
このような制度を上手く利用することで時間を有効に活かし、能力をさらに高めることが可能です。
二重専攻とは2つの分野を専門分野として専攻する制度です。演奏学科内のみで可能です。
入学時の専攻だけでなく、専攻を増やすことにより、将来への選択肢の幅が広がります。
成績優秀かつ大学院進学を希望する学生に対し、学部4年次から大学院授業科目の履修を認めることによって、合計5年間で「学士」および「修士」の2つの学位を取得できる制度です。
学部2年次もしくは3年次の1年間、上智大学（東京）に在籍して学ぶことが出来ます。
留学期間中も東京で実技レッスンを受講できるよう、可能な限り配慮します。
成績優秀な学生に対し、3年次修了時の卒業を認め、早期に大学院等への進学や社会での活躍の機会を与える制度です。指導教官の指導のもと、早期卒業のための特別な履修計画を作成します。
高校2年修了時から学部への飛び入学（アーティスト21特別奨学生）の他に、学部から大学院への飛び入学制度を設けています。これは成績優秀な学生に対し、学部3年修了次に大学院への入学を認めるものです。その場合、大学学部の卒業資格はなく、大学院修士課程の修了資格のみとなります。
〈教育ネットワーク中国〉 による、県内外の大学間の単位互換制度があります。他大学での単位取得も可能です。
入学以前に各種検定試験（日本語検定、実用英語技能検定、TOEIC、TOEFL、TEAP、GTEC）に合格または成績認定を受けている場合、本学においても単位認定を行います。
音楽文化専修、演奏学科の学生も、必要な条件を満たすことにより、幼稚園教諭一種免許状が取得できます。
