大学院音楽研究科は1990年4月に修士課程が、1993年に博士後期課程が設置されました。博士後期課程は私立音楽大学としては初めて設置認可となりました。
博士第1号は1998年10月7日に授与され、名実ともに本学の博士後期課程が完成。1999年には本学の創立50周年と大学院博士後期課程の完成を記念した国際シンポジウム「音楽と宗教」が開催され、300人以上が参加しました。
修士課程は、学部で培った知識と技能をいっそう深め、それぞれの専攻分野において自立した研究および演奏活動を行うに十分な高度の知識と演奏技量を醸成することを目的としています。社会人特別選抜入学試験の実施、留学生や帰国子女などを視野に入れた秋季入学制度も設けられています。
専攻は、音楽学・宗教音楽学・声楽・器楽の4専攻で構成されており、学部と同じ分野はもちろんのこと、異なる分野へ進む可能性も与えられています。また、現代音楽の実験的演奏を体験する「ソニック・ラボラトリー」など専攻を問わず履修できる関連学科目を多く設けています。
博士後期課程は専門分野における独創的な研究が可能な人材の育成を目指しています。学生の研究対象に応じて、専門的な学識をもつ教員が、領域を異にする教員とともに複数で指導にあたります。1998年以来これまで論文博士を含め、27人の博士(音楽)・博士（音楽学）が誕生しています。ティーチングアシスタントに採用され、学部生の指導にあたることも可能となっています。
