修士課程は、学部で培った知識と技能をいっそう深め、それぞれの専攻分野において自立した研究および演奏活動を行うに十分な高度の知識と演奏技量を醸成することを目的としています。社会人特別選抜入学試験の実施、留学生や帰国子女などを視野に入れた秋季入学制度も設けられています。
専攻は、音楽学・宗教音楽学・声楽・器楽の４専攻で構成されており、学部と同じ分野はもちろんのこと、異なる分野へ進む可能性も与えられています。また、現代音楽の実験的演奏を体験する「ソニック・ラボラトリー」など専攻を問わず履修できる関連学科目を多く設けています。
